Fondata, come dice il nome, nel 2000, il Nuoto 2000 Napoli ha, dalla sua fondazione, promosso l’attività sportiva acquatica sia in ambito maschile che femminile. La formazione femminile, a metà degli anni 00 militò nel campionato di serie b sfiorando ripetutamente la promozione in seria A2. Nel 2009 viene retrocessa in serie C, ma nell’anno seguente torna in B. Purtroppo nel 2012 la squadra femminile viene sciolta. La squadra maschile si è sempre concentrata nelle giovanili. Militando per anni nella serie D, nel 2011 passa alla serie C, vincendolo nel 2015 e venendo promossa per la prima volta nella sua storia in Serie B. Retrocessa in serie C nel 2017, la società decide di operare una profonda rifondazione per puntare nuovamente alla promozione in Serie B. Nel corso degli ultimi anni si è sviluppata molto anche l’attività Master sia in campo maschile che femminile. La squadra maschile M60 si è laureata campione d’Italia nel 2018 e nel 2019 e ha conquistato l’argento ai campionati europei master nel 2018.